Desde que se inició con el asesoramiento a los pueblos indígenas en el Chaco Central en el año 1962, se ocupó también de la promoción de escuelas aldeanas indígenas. Entusiasmado del gran interés de la población indígena por la fundación de escuelas en sus comunidades, se tenía que formar primeramente docentes. Para esto, servían cursos pedagógicos breves y cursos de capacitación continua en el verano. 
Recién en los años noventa se pudo empezar a formar personas que habían terminado la educación media. Se juntaba esta formación con el nivel medio, formando de esta manera docentes „bachilleres“ para las escuelas  aldeanas. Posteriormente se buscó en cooperación con el Instituto de Formación Docente en Filadelfia un método para empezar con una formación regular a nivel terciario. 
Este nuevo programa académico se adapta a la cultura indígena, siendo 50% material académico según las prescripciones del Ministerio de Educación y Ciencias, mientras que la otra mitad se compondría de contenido académico que ha surgido en los años de experiencia de la ASCIM con la formación intercultural. De la primera parte se encargan los docentes del Instituto de Formación Docente de Filadelfia y para la segunda parte los profesionales del sector de la ASCIM. 
Un primer grupo de estudiantes terminó su formación como Profesor de Educación Escolar Básica de primer y segundo ciclo en 2016. El segundo grupo empezó el curso de formación docente en 2017 y en el año 2021 se inició con la tercera cohorte de formación docente en Yalve Sanga.

La normativa para las funciones educativas en las instituciones escolares indígenas es dada por la Ley N° 3231/07 de la Educación Escolar Indígena y su Decreto Reglamentario N° 8234/11.

El 90 % de las Instituciones cuentan con un EGCI (Equipo de Gestión Comunitario Indígena). El EGCI participa activamente en la ejecución de proyectos de mejoramiento de la Institución educativa, y a través de él se realizan las gestiones en las Municipalidades, Gobernaciones y otros entes para la mejora institucional.
Las decisiones comunitarias relativas a la política educativa, selección de docentes, resolución de conflictos, se realizan mediante la asamblea de sus miembros.
Las madres indígenas cooperan para la preparación de una comida nutritiva. La Gobernación de Boquerón provee provisiones tales como arroz, fideo, poroto, cebolla, sal, extracto de tomate, aceite, a las Instituciones. 

En las Instituciones Educativas se recibe los insumos para la merienda escolar, que es un recurso fundamental para el refuerzo nutricional de los estudiantes. Favorece la asistencia a clases y mejora la capacidad de atención en el aula. La mayoría de los estudiantes indígenas vienen a las aulas sin desayunar o sin almorzar, y encuentran en la merienda un gran estímulo para la asistencia. Las veces que no se cuenta con este recurso, los estudiantes tienden a acompañar a sus padres en busca de changas en las chacras, estancias, o poblaciones cercanas, para conseguir alimento.

Cabe señalar que en algunas Instituciones no se recibe aún el programa del almuerzo escolar. Sin embargo la Gobernación de Boquerón entrega esporádicamente provisiones para que en algunas instituciones las madres puedan cocinar. Para ello se apela al auto gestión institucional para conseguir verduras y carne para la preparación de un guisado de arroz o de fideo. También en algunas instituciones se prepara arroz con leche o chocolatadas, para variar el menú.

Las 53 instituciones educativas reciben distintos materiales didácticos y de apoyo a la enseñanza en el aula. Gracias a la gestión financiera de la ASCIM se entrega el material de enseñanza bíblica. Además, las escuelas indígenas de los pueblos Nivacle y Enlhet, reciben materiales de comunicación y matemáticas en su idioma materno.

Así mismo el 100 % de los estudiantes reciben sus kits de útiles escolares del Ministerio de Educación y Ciencia, lo cual es considerado de buena calidad y de gran utilidad por toda la comunidad.

La preocupación principal para la Supervisión se centra en torno a la capacitación docente continua, ya que de ello depende el éxito en las aulas. Alrededor de 250 docentes están bajo la tutela de la supervisión. 
Regularmente se desarrolla jornadas de capacitación docente, iniciando con las pre clases en febrero. Así mismo en el mes de mayo y setiembre se abordan temas según necesidades específicas en las diferentes instituciones educativas y en el mes de julio, se realiza nuevamente 2 días de capacitación docente. 
Así mismo los nuevos docentes que integraron el plantel en el presente año, han participado de un curso de dos días, para recibir orientaciones específicas para el trabajo en el contexto cultural indígena, con la finalidad de propiciar una convivencia intercultural armónica y respetuosa dentro de las comunidades.

La Educación Media en sus diferentes modalidades tiene como objetivo la incorporación activa del alumno a la vida social y al trabajo productivo, o su acceso a la educación de nivel superior.
Tiene una duración de tres años y cuenta con un solo ciclo, constituido por tres cursos. En las escuelas de educación media atendidas por la Supervisión Educativa se imparte en cinco instituciones la modalidad del Bachillerato Científico con énfasis en Ciencias Sociales, en una institución la modalidad del Bachillerato con énfasis en Administración de Negocios  y en una institución el Bachillerato Técnico Agropecuario.

La Educación Escolar Básica (EEB) es obligatoria y gratuita en las escuelas de gestión oficial en las comunidades indígenas atendidas por las Supervisiones 18-33 y 18-37. La EEB comprende nueve grados y se imparte a niños de 6 a 14 años de edad. Este nivel se divide en tres ciclos de tres años de duración cada uno:

- Primer ciclo (1º, 2º y 3º grado)
- Segundo ciclo (4º, 5º y 6º grado)
- Tercer ciclo (7º, 8º y 9º grado)

La Constitución Nacional reconoce la existencia de los pueblos indígenas, definidos como grupos de culturas anteriores a la formación y organización del Estado paraguayo, y les otorga derechos como la salud, la educación, la identidad y la participación.

La diversidad lingüística y cultural de estos pueblos es respetada mediante la inclusión de materiales y enseñanzas en el idioma nativo durante la EEB. El primer ciclo de la educación escolar básica se imparte a nivel aldeano, con maestros indígenas de manera bilingüe y con contenidos biculturales. Por razones logísticas, a partir del segundo ciclo se centraliza el proceso de educación formal. El tercer ciclo se ofrece en 17 de las 53 instituciones supervisadas por la Supervisión 18-33 y Supervisión 18-37.

La Educación Inicial y Preescolar se encuentra en el primer nivel del sistema educativo nacional. Esta etapa se enmarca dentro de una concepción amplia e innovadora que apunta al desarrollo integral de los niños y niñas menores de 6 años, atendiendo sus necesidades bio-psicomotoras, cognitivas, sociales, emocionales y afectivas, así como la prevención y detección de dificultades e interferencias en su desarrollo y crecimiento (MEC).

En cuanto a la educación inicial, la ASCIM maneja la modalidad no formal: se ocupa de atender a los niños de 3 a 5 años que no tienen acceso a la Educación Inicial formal. Este programa se implementa bajo el nombre de “escuelitas” en edificios de las comunidades que ofrecen las condiciones básicas necesarias de seguridad para el desarrollo del infante. El programa no formal funciona bajo la tutela del Departamento Intercultural, Social-Espiritual (DISE) de la ASCIM.

A partir de los 5 años, los niños son atendidos por el preescolar de la supervisión correspondiente, con el objetivo de estimular el desarrollo integral de todos los aspectos de su personalidad.