El Consejo de Administración es la representación de la Asamblea General, cuando ésta no se encuentra reunida. Está compuesto de cinco personas según la siguiente representación de grupos de interés:
- Un representante de las organizaciones misioneras
- Un representante de las congregaciones germano-menonitas, los representantes del Servicio Voluntario y de los círculos de damas
- Un representante de los administradores de las Colonias Menonitas del Chaco Central
- Un representante de los socios de habla Enhlet (inclusive los Toba y Sanapaná)
- Un representante de los socios de habla Nivaclé
La representación del grupo de interés en el Consejo de Administración se decide en una reunión separada por cada grupo. Al comienzo de cada año, el Consejo de Administración elige de su seno a un presidente, a un vicepresidente y a un secretario. El presidente del Consejo simultáneamente es presidente de la ASCIM. El Consejo de Administración funciona válidamente con la presencia de tres de sus cinco miembros, y las resoluciones se toman por mayoría de votos de los presentes.
Son atribuciones y deberes del Consejo de Administración:
- Cumplir y hacer cumplir los estatutos y reglamentos internos, las resoluciones de las asambleas y las que dictare el propio Consejo de Administración
- Convocar a asambleas ordinarias y extraordinarias
- Crear y suprimir subcomisiones para tareas especiales dentro del programa de la ASCIM y designar sus integrantes
- Conferir mandatos y designar representantes y apoderados
- Aceptar donaciones, legados y subvenciones
- Autorizar los gastos que demande el funcionamiento de la ASCIM
- Autorizar a la presidencia para ejercer representación legal de la ASCIM
- Nombrar a los gerentes de los departamentos: agropecuario, de educación, de salud y del departamento intercultural social-espiritual que a su vez constituyen el Comité Ejecutivo de la ASCIM conjuntamente con el director y vicedirector;
- Fijar los sueldos de los colaboradores, determinar sus obligaciones y controlarlas para que cumplen eficazmente con los deberes que se les encomienda
- Aprobar o rechazar el ingreso o renuncia de socios, de acuerdo con las representaciones fijadas. En caso de no lograrse acuerdo entre los miembros se someterá a resolución de la Asamblea. Si el postulante fuese una entidad o asociación deberá acompañar a la petición escrita el acuerdo adoptado según determine su carta orgánica.