El departamento de salud de la ASCIM tiene su inicio en el año 1968, con el Dr. Hans Epp como fundador, a causa de la alta tasa de mortalidad causada por la tuberculosis y la alta mortalidad infantil. Cinco años más tarde en 1973, con ayuda extranjera fue construido en Yalve Sanga un edificio amplio para la atención sanitaria. En este edificio siguen funcionando hoy en día la recepción, los Primeros Auxilios, Radiología, Laboratorio, Consultorios y Salud Pública. En 1975 siguieron las construcciones, levantando una sala de internados actualmente todavía en función como tal. Este edificio fue inaugurado con la presencia del ministro de salud, lo que evidencia la cooperación con las instituciones públicas.

Al principio, fueron personas voluntarias de las diferentes iglesias que se encargaban del puesto de salud. Posteriormente, se creó un plan basado en las instrucciones ofrecidas por la Organización Mundial de la Salud referente a la Atención Primaria de la Salud (APS), entendiendo la APS como la "asistencia sanitaria esencial accesible a todos los individuos y familias de la comunidad a través de medios aceptables para ellos, con su plena participación y a un costo accesible para la comunidad y el país. Es el núcleo del programa de salud y forma parte integral del desarrollo socioeconómico general de la comunidad".

Aunque la APS sigue siendo una actividad importante del Dpto. de Salud, los servicios se fueron ampliando con el correr de los años, ofreciendo actualmente servicios de consultorio, diagnóstico por imágenes y laboratoriales, internación y ambulancia. Además, se cuenta con varios convenios interinstitucionales que posibilitan la remisión de pacientes a servicios de salud de mediana y alta complejidad.

Objetivos específicos:

• Las comunidades indígenas asociadas a la ASCIM tienen un sistema estable con servicios de atención primaria en salud, con sus puestos de salud atendidos por profesionales y técnicos responsables de las comunidades.
• Las instalaciones de los servicios de salud de la ASCIM en Yalve Sanga están registrados en el Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social.
• Cada familia en las comunidades indígenas socias de la ASCIM tiene acceso a agua potable.
• Cada persona de las comunidades indígenas socias de la ASCIM tiene acceso a servicios médicos.