La ASCIM como entidad sin fines de lucro actúa oficialmente a través de dos órganos:
- La Asamblea General, órgano de manifestación de la voluntad social; y,
- El Consejo de Administración, representando a la Asamblea cuando ella no esté en sesión.
Para la ejecución y coordinación de sus programas, es necesario una administración central de las actividades encomendadas. La sede central de la ASCIM está situada desde el año 2018 en Yalve Sanga, Departamento de Boquerón. Alberga las oficinas del director ejecutivo, de la asistencia administrativa y de la contabilidad. La administración central tiene la función principal de coordinar las actividades relacionadas al ámbito agropecuario, educación, salud y al campo intercultural, social y espiritual. Además es responsable por la gestión financiera, el relacionamiento interinstitucional y la contratación de talentos humanos a la institución.