Es responsabilidad de la Administración Central de la ASCIM, ejecutar el plan de actividades por medio del manejo correcto de los talentos humanos y los recursos financieros disponibles.
El presupuesto de la ASCIM se financia principalmente de dos fuentes: por aportes de la Fundación Tres Colonias y por ingresos propios generados con programas autosubsistentes:

La Fundación Tres Colonias (FTC) es una fundación de las colonias Chortitzer, Neuland, Fernheim y las iglesias germano-menonitas. Las mencionadas instituciones transfieren los aportes acordados en la Asamblea ordinaria de la Fundación Tres Colonias y ésta, a su vez, los transfiere a la ASCIM.  De esta manera, la Fundación Tres Colonias, con un aporte total en el año 2021 de Gs 12.695.197.700.-, es la principal patrocinadora de la obra de la ASCIM.

Programas auto-subsistentes (ingresos propios):
a) El hospital de la ASCIM en Yalve Sanga cobra tarifas reducidas por los servicios prestados por el departamento de salud. La gran mayoría de los indígenas de las comunidades que tienen un contrato de cooperación con la ASCIM cuentan con la cobertura de los servicios de salud por medio de la Ayuda Mutual Hospitalaria (AMH, que se rige según Ley Nº 3050/06).
b) La ASCIM tiene 2 instituciones educativas propias, el CEIYS (Centro Educativo Indígena Yalve Sanga) y la escuela agrícola La Huerta. Los alumnos pagan una pequeña cuota escolar que cubre aproximadamente el 10% de los costos reales de dichas instituciones y las residencias estudiantiles.
c) La escuela agrícola La Huerta tiene su propia producción agropecuaria, producción de ganado vacuno y producción agricultura. Esto da la oportunidad a los alumnos para hacer sus prácticas y la producción solventa la mayor parte de los gastos de esta institución educativa.

Otras fuentes de ingresos son:
• Cuota social igualitaria de los socios, que se fija por la Asamblea General
• Donaciones de entidades e individuos
• Donaciones de organizaciones internacionales
• Financiación de organizaciones nacionales e internacionales en proyectos específicos

El ejercicio contable de la ASCIM corre del primero de enero hasta el 31 de diciembre de cada año. Al finalizar el ejercicio contable, se elabora un informe financiero del año pasado y un presupuesto para el año venidero a presentar para su aprobación en la Asamblea General.

Comisión Revisora de Cuentas
La contabilidad de la ASCIM es revisada regularmente por la Comisión Revisadora de Cuentas, creada por estatuto social de la ASCIM. La comisión revisora de cuentas está compuesta de cinco personas designadas anualmente en la forma siguiente:

• Un representante del grupo Enhlet (representan también a los grupos Sanapaná y Toba, debido a que pertenecen al mismo grupo lingüístico: Maskoy)
• Un representante del grupo Nivacle
• Un representante de cada una de las tres colonias menonitas del Chaco Central (Chortitzer, Fernheim y Neuland)

Son atribuciones y deberes de la comisión revisora:

• Examinar los libros de contabilidad y documentos de la ASCIM al fin de cada ejercicio
• Fiscalizar la administración, el estado de caja y la existencia de títulos y valores de cualquier especie
• Verificar que la percepción de los recursos y pagos de los gastos se efectúen de conformidad con las disposiciones legales, estatutarias y reglamentarias
• Observar e informar inmediatamente al Consejo de Administración toda irregularidad que advirtiere

El marco legal de la ASCIM se rige por los Estatutos Sociales de la Asociación. 

• Un representante de las organizaciones misioneras
• Un representante de las congregaciones germano-menonitas, los representantes del Servicio Voluntario y de los círculos de damas
• Un representante de los administradores de las Colonias Menonitas del Chaco Central
• Un representante de los socios de habla Enhlet (inclusive los Toba y Sanapaná)
• Un representante de los socios de habla Nivaclé 

• Cumplir y hacer cumplir los estatutos y reglamentos internos, las resoluciones de las asambleas y las que dictare el propio Consejo de Administración
• Convocar a asambleas ordinarias y extraordinarias
• Crear y suprimir subcomisiones para tareas especiales dentro del programa de la ASCIM y designar sus integrantes
• Conferir mandatos y designar representantes y apoderados
• Aceptar donaciones, legados y subvenciones
• Autorizar los gastos que demande el funcionamiento de la ASCIM
• Autorizar a la presidencia para ejercer representación legal de la ASCIM
• Nombrar a los gerentes de los departamentos: agropecuario, de educación, de salud y del departamento intercultural social-espiritual que a su vez constituyen el Comité Ejecutivo de la ASCIM conjuntamente con el director y vicedirector; 
• Fijar los sueldos de los colaboradores, determinar sus obligaciones y controlarlas para que cumplen eficazmente con los deberes que se les encomienda
• Aprobar o rechazar el ingreso o renuncia de socios, de acuerdo con las representaciones fijadas. En caso de no lograrse acuerdo entre los miembros se someterá a resolución de la Asamblea. Si el postulante fuese una entidad o asociación deberá acompañar a la petición escrita el acuerdo adoptado según determine su carta orgánica.