A fines del siglo XIX, en el Chaco paraguayo vivían tres familias lingüísticas con diez grupos tribales, también llamados etnias. La parte central del Chaco Paraguayo ocupaban los grupos de los Maskoy, subdivididos en Lengua, Toba, Sanapaná, Angaité y Guaná. Hacia el sur de los Maskoy vivía la familia de los Mataco con las subdivisiones Nivaclé, Choroti y Macá. En la parte norte del Chaco vivían dos grupos de la familia Zamuco: los Chamacoco y los Ayoreo. Todos los pueblos vivían de la caza y de la cosecha del monte, razón por la cual se mudaban regularmente de un lugar a otro en busca de fuentes de subsistencia.
En los años 1927 y 1930, los primeros grupos de agricultores del exterior llegaron al Chaco paraguayo, pertenecientes a la fe evangélica menonita. Ellos buscaron un lugar alejado para salvar sus propias tradiciones y para desarrollar una nueva vida basada en la agricultura. Se radicaron en tierras compradas de la empresa argentina Carlos Casado.
A través de los contactos de los colonos con los nativos se originó la motivación para predicar el evangelio a los indígenas. La Guerra del Chaco entre Bolivia y Paraguay irrumpió el aislamiento voluntario de los colonos y alejó a los pueblos indígenas de los establecimientos agrícolas. Posteriormente a la guerra, los indígenas regresaron y solicitaron la ayuda de los agricultores para asentarse y dejar la vida nómada.
El Consejo Superior de Iglesias de los colonos agricultores presentó entonces una solicitud al Gobierno paraguayo, en la cual informó sobre las intenciones y los objetivos del plan misionero, solicitando la autorización gubernamental. El Gobierno respondió favorablemente, dando lugar así a la fundación de la asociación misionera con el nombre "Luz a los Indígenas" el 17 de setiembre de 1935. Los primeros estatutos fijaron cuatro objetivos:

1. Enseñar a los indígenas la doctrina cristiana de acuerdo a las Santas Escrituras.
2. Facilitar enseñanza a los niños y promover una ética cristiana entre los adultos.
3. Fomentar la salud de los indígenas.
4. Capacitación económica y asentamiento agrícola, para integrar a los indígenas en la vida nacional.

En el lugar hoy conocido como Yalve Sanga, se construyó en el año 1936 un puesto misionero. Paulatinamente surgieron los primeros servicios como dispensario médico, una chacra que ofrecía empleo y una escuela para niños. Paralelamente, se estaba desarrollando una ganadería comunal, aprovechando así los campos abiertos en los alrededores del puesto misionero. El trabajo común tenía como propósito tanto la provisión de trabajo a los indígenas como también la facilitación de permanencia en un lugar.
10 años más tarde entró la primera solicitud de los pueblos indígenas por la organización de su vida en tierra propia. Con base a esta solicitud empezó un proyecto mayor de colonización. Se logró involucrar al Comité Central Menonita de América del Norte (MCC) para el co-financiamiento. El comité de asesoramiento indígena, a su vez tenía como misión la compra de tierras con financiamiento mayoritariamente de organizaciones internacionales para asentar a pueblos indígenas. Aseguró un total de 190.000 hectáreas de tierra para los indígenas y ayudó en la fundación de 21 comunidades.
El MCC solicitó la formación de una administración central para guiar el proyecto de colonización. Las iglesias y las administraciones civiles de las tres colonias germano-menonitas unieron sus esfuerzos y acordaron en 1961 un "plan de organización para ayuda económica, social y cultural para los indígenas en el área de las colonias menonitas chaqueñas". Este sistema de cooperación interétnico, después de haber sido reglamentado en un estatuto en 1970, enmendado en 1976, llegó a ser conocido bajo la denominación "Asociación de Servicios de Cooperación Indígena-Mennonita" (ASCIM). La entidad con su nombre, el objeto, sus fines y las demás circunstancias fue reconocida con la personería jurídica por Decreto N° 37.174 del Poder Ejecutivo el 10 de febrero de 1978. 
Según sus estatutos originarios, el objetivo general de la Asociación de Servicios de Cooperación Indígena Mennonita fue "prestar servicios de desarrollo, para que las familias indígenas alcancen un nivel económico que les asegure contra la amenaza del hambre, enfermedades y marginalidad".
La Ley N° 904/81 abrió el marco para la organización administrativa de las comunidades indígenas quienes desde entonces pueden recibir la personería jurídica (Art.11). Después de haber sido reconocida, la ASCIM pasó a transferir los títulos de propiedad de la tierra a las comunidades establecidas, sin costo alguno para las comunidades según lo establecido en el Artículo 17. El enfoque de cooperación se cambió al asesoramiento de las comunidades fundadas para que adquieran habilidades de producir en la tierra recibida.
En el 2016, previo análisis y planificación, se dio un direccionamiento nuevo, poniendo el enfoque en la autonomía de las comunidades indígenas.