Es responsabilidad de la Administración Central de la ASCIM ejecutar el plan de actividades mediante la gestión adecuada de los talentos humanos y los recursos financieros disponibles.

El presupuesto de la ASCIM se financia principalmente de dos fuentes: los aportes de la Fundación Tres Colonias y los ingresos propios generados por programas autosubsistentes:

La Fundación Tres Colonias (FTC) es una entidad formada por las colonias Chortitzer, Neuland y Fernheim, así como por las iglesias germano-menonitas. Estas instituciones transfieren los aportes acordados en la Asamblea Ordinaria a la FTC, la cual a su vez los canaliza hacia la ASCIM.  De esta manera, la FTC, con un aporte total según el presupuesto en 2024 de Gs 16.322.209.263 Gs.-, es la principal patrocinadora de la labor de la ASCIM.

Los programas autosubsistentes generan ingresos propios de la siguiente manera:
a) El Sanatorio de la ASCIM en Yalve Sanga cobra tarifas reducidas (subvencionados por aportes de la FTC - Fundación Tres Colonias) por los servicios de salud que ofrece. La mayoría de los indígenas de las comunidades con convenio de cooperación con la ASCIM reciben atención médica a través de la Ayuda Mutual Hospitalaria (AMH), regida por la Ley Nº 3050/06).
b) La ASCIM cuenta con dos instituciones educativas propias, el CEA (Centro Educativo ASCIM) y la escuela agrícola La Huerta. Los estudiantes abonan una pequeña cuota que cubre aproximadamente el 10% de los costos reales de dichas instituciones y de las residencias estudiantiles.
c) La escuela agrícola La Huerta cuenta con su propia producción agrícola y ganadera, que permite a los alumnos realizar prácticas y cubre gran parte de los gastos de la institución. 

Otras fuentes de ingresos incluyen:

• Cuotas sociales de los socios, establecidas por la Asamblea General.
• Donaciones de entidades e individuos.
• Donaciones de organizaciones internacionales.
• Financiación de proyectos específicos por parte de organizaciones nacionales e internacionales.
• Aportes del gobierno central para proyectos o programas específicos.

El ejercicio contable de la ASCIM abarca el 1 de enero al 31 de diciembre de cada año. Al finalizar el ejercicio, se prepara un informe financiero del año anterior y un presupuesto para el próximo año, que se presenta para su aprobación en la Asamblea General.

Comisión Revisora de Cuentas
La contabilidad de la ASCIM es revisada regularmente por la Comisión Revisadora de Cuentas, establecida en el estatuto de la organización. Esta comisión está compuesta por cinco personas designadas anualmente en la siguiente manera:

• Un representante del grupo Enhlet (que también representan a los grupos Sanapaná y Toba debido a su afinidad lingüística: Maskoy).
• Un representante del grupo Nivacle.
• Un representante de cada una de las tres colonias menonitas del Chaco Central (Chortitzer, Fernheim y Neuland)

Entre las responsabilidades y deberes de la comisión revisora se encuentran:

• Examinar los registros contables y documentos de la ASCIM al final de cada ejercicio.
• Supervisar la gestión, la situación financiera y la existencia de activos financieros.
• Garantizar que los ingresos y gastos se realicen conforme a las disposiciones legales, estatutarias y reglamentarias.
• Informar de inmediato al Consejo de Administración sobre cualquier irregularidad detectada.

• Un representante de las organizaciones misioneras.
• Un representante de las congregaciones germano-menonitas.
• Un representante de los administradores de las Colonias Menonitas del Chaco Central.
• Un representante de los socios que hablan Enlhet (incluyendo a los Toba y Sanapaná)
• Un representante de los socios que hablan Nivaclé. 

• Velar por el cumplimiento de estatutos, reglamentos internos y resoluciones de las asambleas y del propio Consejo.
• Convocar asambleas ordinarias y extraordinarias.
• Establecer y disolver subcomisiones para tareas específicas dentro del programa de la ASCIM y designar sus integrantes.
• Otorgar mandatos, designar representantes y apoderados.
• Aceptar donaciones, legados y subvenciones.
• Autorizar los gastos necesarios para el funcionamiento de la ASCIM.
• Habilitar a la presidencia para actuar como representante legal de la ASCIM.
• Nombrar a los gerentes de los departamentos: agropecuario, educativo, de salud y del departamento intercultural social-espiritual, quienes junto con el director y vicedirector conforman el Comité Ejecutivo de la ASCIM. Establecer salarios, definir responsabilidades y supervisar el desempeño efectivo de los colaboradores en sus funciones asignadas.
• Aprobar o rechazar solicitudes de ingreso o renuncia de socios, según las representaciones establecidas. En caso de desacuerdo entre los miembros, la decisión se someterá a resolución de la Asamblea. Para entidades o asociación que deseen ingresar como socios, deberán adjuntar a la solicitud escrita el acuerdo adoptado según lo establecido en su carta orgánica.